女孩16岁时自愿与男性有性行为，是否构成强奸？

强奸罪要分不同情况判断。法律规定，未成年人自愿与他人发生性关系，与其发生性关系的人可能构成强奸。如果该未成年人为十四周岁以下，只要发生性关系，就构成强奸罪；如果是已满14周岁的未成年人，要求是以暴力、胁迫或者其他手段强奸的，才会构成强奸罪。
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是否违背妇女意志，是认定是自愿还是强迫的关键。认定强奸罪的证据是多方面的，如现场遗留物，嫌疑人的毛发、精斑，留在犯罪场所中的嫌疑人体液的物品如床单、擦拭物，受害人的内裤等，都可以提交给公安机关。也可以直接报案，由公安机关勘察现场，搜集证据，对被害人进行包括提取阴道试纸、咬痕上的唾液等在内的法医鉴定。女方是否自愿很难认定，无须自证清白，须由侦查机关搜集构成犯罪的证据。
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这个要具体分析，如果不是自愿的就构成强奸罪，会被追究刑事责任的，如需法律帮助可当面咨询律师。